Dobre Praktyki Higieniczne i Produkcyjne są podstawą do wdrożenia systemu HACCP. Nie można rozpocząć wdrożenia HACCP gdy w zakładzie nie ma opracowanych instrukcji GMP/GHP. Wspomniane instrukcje powinny zawierać Plany Higieny Zakładu jak i zasady zachowania higieny dla pracowników. Jest to bardzo ważne z punktu widzenia zachowania podstawowego bezpieczeństwa żywności. System HACCP jest uzupełnieniem w zakładzie i dalszym krokiem, który ma zwiększyć to bezpieczeństwo. Gdy w zakładzie są ustalone normy higieny w instrukcjach gmp/ghp przeprowadza się analizę zagrożeń\, które występują lub mogą wystąpić w wyniku działalności zakładu.